基于色木枫转录组数据的核低拷贝基因引物开发
Low-copy nuclear gene primers based on transcriptome data of Acer pictum
-
摘要: 基于色木枫的转录组数据初步设计166对引物，并根据琼脂糖凝胶电泳与Sanger测序结果筛选出其中的26对核低拷贝基因引物．在东亚63个种群的182个个体中大批量扩增所开发引物，单倍型多样性范围为0.45~0.97，核苷酸多样性为(1.90~18.03)×10−3；9~15对引物可在金钱槭、茶条槭、青榨槭和鸡爪槭中扩增；STRUCTURE聚类结果与之前核微卫星研究结果类似，且展示了更多的谱系地理结构，结果表明引物多态性高、拓展性强、具有可靠性．本研究的转录组数据为槭属的研究提供重要遗传信息，所用方法被证明可以有效开发大量核低拷贝基因引物，已开发出的26对